Le menu Fichier

Ouvrir
ouvre une tableau de données. Les colonnes du tableau doivent être séparées par des <tabulations> et/ou des  <;> - les lignes par des <retours chariot> et/ou des <sauts de ligne>. Les nombres sont lus aussi bien dans le format français qu'anglo-saxon. La présence ou l'absence  d'en-têtes de colonnes et de lignes est gérée - en leur absence les lignes et/ou les colonnes seront numérotées.
Enregistrer
sauvegarde le tableau de données courant - si celui-ci a été modifié, les modifications deviendront définitives.
Enregistrer sous
même chose qu'Enregistrer mais demande auparavant un nouveau nom de fichier (le fichier initial ne sera pas modifié).
Exporter
sous-menu qui permet d'enregistrer les données sous différents formats.
Quitter
comme son nom l'indique...

Le menu Transformer

Les trois premières actions permettent d'appliquer diverses fonctions sur l'ensemble des données

Vers logarithme

transforme les données en leur logarithme décimal. La présence de nombres négatifs ou nuls parmi les données n'est pas très bien prise en compte (leur logarithme est fixé à 0).
Vers racine carrée
transforme les données en leur racine carrée (même remarque à propos des nombres négatifs).
Vers les rangs
associe à chaque nombre son rang dans la colonne à laquelle il appartient - gère correctement les ex-aequos de telle sorte que la somme des rang d'une colonne soit toujours la même.
Extraire
permet de sélectionner un sous-ensemble de lignes et de supprimer les autres du tableau.
Trier les lignes
trie les lignes dans l'ordre alphabétique de leurs en-têtes - à déconseiller si les en-têtes sont des chiffres.

Le menu ANOVA

regroupe les fonctions ayant trait à l'analyse de variance du tableau. Avant de pouvoir les utiliser, il est nécessaire d'ouvrir ou de définir l'ensemble des facteurs utilisés pour cette analyse : le design. Ce dernier peut ensuite être enregistré et rappelé pour une utilisation ultèrieure (voir item Design).

Calculer ANOVA globale

calcule l'analyse de variance en demandant auparavant l'ordre d'interaction désiré. Une fenêtre présente le tableau résultant de ce calcul dans laquelle un menu permet d'enregistrer les résultats au format texte.
Calculer ANOVA locale
étant donné deux facteur f1 et f2 (ici le plus souvent f1 sera le facteur "gène"), calcule dans chaque classe de la partition associé à f1, l'analyse de variance à l'ordre 1 de ce sous-ensemble de données. Seuls les résultats relatifs au facteurs f2 sont affichés.
Graphique ANOVA locale (F)
étant donné deux facteur f1 et f2 (ici encore le plus souvent f1 sera le facteur "gène"), représente chaque classe de la partition associé à f1 comme un point dont : Les valeurs de F peuvent alors être vue comme des pentes et les droites correspondent à des valeurs de p-value de 5/100, 1/100 et 1/1000.
Graphique ANOVA locale (P)
étant donné deux facteur f1 et f2 (ici encore le plus souvent f1 sera le facteur "gène"), représente chaque classe de la partition associé à f1 comme un point dont :
Design
sous-menu qui permet de définir, d'enregistrer et de charger les sous-tableaux des facteurs de l'ANOVA.
Entrer :
une "boite de dialogue" vous demande de préciser le nombre de facteurs de votre design, ainsi que, pour chacun des facteurs, son nom et son type de partition parmi les quatre possibilités suivantes : Dans le cas d'un partitionnement des lignes ou des colonnes en N classes, il vous sera demander de spécifier les N-1 premières classes de la partition.

Une fois entré, le design peut être sauvé et réouvert à l'aide des commandes Enregistrer et Ouvrir.

Le menu Classifier

Le programme n'effectue pas lui-même de classification. Il peut toutefois appeler des programmes tiers qui eux la déterminent à partir du tableau de données et renvoient ensuite un dendrogramme décrit sous un certain format. Ce dendrogramme est ensuite interprété et affiché dans le programme et peut être sauvegardé au format jpeg. Un exemple :
Il faut donc définir les noms (qui seront affichés dans le menu) et surtout les emplacements des exécutables devant calculer les dendrogrammes. Ceci se fait dans le sous-menu Préférence.
A noter que les exécutables fournis ne sont pas adaptés, pour des raisons de temps  de calcul et ensuite d'affichage, à la classification de milliers d'objets. On doit se limiter à quelques centaines tout au plus.

Le menu Visualisation

3 possibilités :

Le menu Fenêtre

permet de montrer et de cacher les fenêtres de résultat d'ANOVA et de tâches en cours.

Le menu Aide

Vous n'en seriez pas là sans savoir ce qu'il fait.
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